Olá Leise, tudo bem?
O registro da empresa na Junta pode ser feito sem CRC, mas se você for prestar serviços contábeis de forma regular (abertura, escrituração, obrigações etc.), o ideal é já estar com seu registro ativo.
Depois que tirar o CRC, você pode começar tanto como autônoma ou CNPJ. Não existe uma única forma certa: muita gente começa como autônoma e depois migra para CNPJ conforme aumenta a demanda.
Temos disponíveis aulas sobre legalização de empresas e também temos aulas voltadas para como montar e estruturar seu escritório contábil, o que pode te ajudar bastante nesse início.
Vou deixar o link aqui para você acessar:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121622-curso-basico-de-legalizacao-de-empresas
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/83628-como-iniciar-seu-escritorio-contabil