Olá Lourival, tudo bem?
Minha recomendação é reconstruir o faturamento com base nos extratos bancários, identificando quais entradas efetivamente correspondem a receitas da atividade e desconsiderando transferências, empréstimos, estornos e aportes. Sempre que possível, esses valores devem ser confrontados com notas fiscais, recibos, contratos e demais documentos disponíveis.
Caso seja identificado excesso de faturamento no período em que o contribuinte estava enquadrado como MEI, o ideal é realizar a regularização o quanto antes, promovendo o desenquadramento quando necessário. Além disso, é importante documentar que a apuração foi realizada com base nas informações fornecidas pelo cliente, reduzindo riscos em eventual fiscalização.
Espero ter ajudado