Olá Lilian, tudo bem?
Não. Produtor Rural pessoa física não é obrigado a ter CNPJ para exercer a atividade rural. Ele atua com o CPF.
Porém, é obrigatório fazer o cadastro no CAEPF (que substituiu o antigo CEI) junto à Receita Federal para fins previdenciários.
Além disso, deve manter os cadastros do imóvel rural em dia:
INCRA/SNCR → CCIR
Receita Federal → CAFIR/CNIR (ITR)
E, conforme o estado, fazer a inscrição estadual como Produtor Rural PF para emitir nota fiscal.
Mesmo sem CNPJ, pode ter obrigações como ITR, IRPF, eSocial e EFD-Reinf.
Espero ter ajudado