Olá, boa noite!
Mesmo que os valores recebidos sejam baixos, isso não isenta você de aplicar as normas previstas na legislação. No caso do autônomo, há a obrigação do registro na prefeitura municipal, justamente para fazer o recolhimento do ISS.
Além disso, o autônomo precisa fazer o recolhimento da sua contribuição previdenciária, e também do pagamento do Imposto de Renda mensal.
Se a prestação ocorrer para uma pessoa jurídica, então acontece a retenção na fonte. Se você presta esse serviço para outra pessoa física, a apuração e recolhimento fica sob sua responsabilidade de fato.
Reforçando, que mesmo que seu valor seja baixo, mesmo que esteja abaixo da tabela progressiva do imposto de renda por exemplo, ainda assim precisa cumprir com as demais obrigações.
Espero ter ajudado.