Olá Denner, tudo bem?
Existem vários sistemas disponíveis no mercado, e a escolha vai depender do porte do escritório e da quantidade de empresas atendidas.
Entre os mais completos e conhecidos, temos o Domínio Sistemas, que é bem robusto e amplamente utilizado por escritórios de contabilidade.
Já para quem busca algo mais simples e acessível, há opções como o Calima e o Makro System, sendo que o Makro, inclusive, possui uma versão gratuita para até 3 empresas, o que pode ser interessante para quem está começando.
O ideal é avaliar os recursos, custo-benefício e o suporte oferecido por cada um antes de decidir.
Espero ter ajudado.