Boa tarde, Charles,
Boa pergunta, e é comum essa dúvida surgir justamente porque o aluguel de veículos fica num limbo entre o que parece ser serviço e o que a legislação trata de forma diferente dependendo do município.
O aluguel de veículos, tecnicamente, não é uma prestação de serviço no sentido jurídico-tributário clássico — é uma locação de bem móvel. E aqui está o ponto central: a locação de bens móveis foi excluída da lista de serviços tributáveis pelo ISS pela Lei Complementar 116/2003, após uma decisão do STF que considerou inconstitucional a cobrança de ISS sobre ela. Isso significa que, em regra, não incide ISS sobre aluguel de veículos.
Por conta disso, a nota fiscal de serviços (NFS-e) pelo portal nacional ou pelo portal do município não seria o documento correto para essa operação na maioria dos casos. O documento adequado é geralmente uma nota fiscal de locação, que pode ser emitida como NF-e (nota fiscal eletrônica de produto, modelo 55) ou, dependendo do estado e da natureza jurídica da empresa, por outro modelo definido pela SEFAZ estadual.
Na prática, o que costuma acontecer é o seguinte: se a empresa locadora for optante do Simples Nacional ou estiver no Lucro Presumido e a atividade dela for locação de veículos, ela emite a NF-e pelo sistema da SEFAZ do estado, e não pelo portal de NFS-e municipal. O CFOP utilizado normalmente é o 5.919 ou equivalente, dependendo da operação, e o campo de natureza da operação deve indicar "locação de bem móvel".
Um detalhe importante: alguns municípios, na contramão da jurisprudência consolidada, ainda tentam tributar a locação de veículos pelo ISS com base em interpretações próprias. Por isso, vale verificar a legislação municipal do seu domicílio fiscal para ter certeza sobre como a prefeitura local trata essa operação.
Se você está do lado do locatário, ou seja, é quem está alugando o veículo de terceiros e precisa registrar a operação, o documento que você receberá do fornecedor é justamente essa NF-e ou equivalente, e o lançamento contábil será de despesa com locação de veículo.