Olá Lindaura
Para emitir a Nota Fiscal, seu cliente precisa de um sistema emissor, certificado digital.
Apesar de não ter a liberação da Vigilância sanitária, não o impede de emitir a Nota Fiscal, pois já tem a Inscrição Estadual.
Só terá problemas em emitir, se a inscrição Estadual não estiver Ativa.
Espero ter ajudado.