Boa tarde Patrícia!
O sistema não está multiplicando por 12, pois só é feito essa multiplicação na primeira apuração. Via de regra, temos o seguinte no primeiro ano de abertura da empresa:
1º mês de atividade: Multiplica-se o faturamento do mês por 12.
Do 2º ao 12º mês: Soma-se a receita desde a abertura, divide-se pelo número de meses em atividade e multiplica-se por 12.
A mesma ideia de proporção, vale para cálculo do fator R também.
Mas lembre-se, que você só pode considerar faturamento e folha de pagamento do mesmo mês. Não pode pegar um faturamento de julho, e o pagamento da folha de pagamento de maio, por exemplo. No seu caso, você vai fazer a proporção de fato, considerando os meses de abertura da empresa.
Espero ter ajudado.