Olá Diogo, boa noite.
Sim, o código CNAE 8690-9/01 é o correto para a atividade de massoterapia. No entanto, como você mencionou, essa atividade não é permitida para o enquadramento como Microempreendedor Individual (MEI).
Em relação à melhor opção para a sua cliente, isso pode depender de vários fatores, incluindo a renda esperada, os custos operacionais, as metas de longo prazo e as preferências pessoais dela.
Se a sua cliente optar por abrir um CNPJ, ela poderia considerar a opção do Simples Nacional, que é um regime tributário diferenciado, simplificado e favorecido previsto na Lei Complementar nº 123, de 14.12.2006, aplicável às Microempresas e às Empresas de Pequeno Porte.
Por outro lado, se a renda da sua cliente for relativamente baixa e ela preferir a simplicidade, pode ser mais vantajoso contribuir para a previdência como individual. Isso permitiria que ela evitasse a burocracia de administrar uma empresa e ainda garantisse seus direitos previdenciários.
Espero ter ajudado!