Olá Elioab, tudo bem?
Geralmente, se a pendência era apenas nas declarações, o CNPJ volta a ficar apto assim que as declarações são enviadas. No entanto, é importante lembrar que as declarações precisam ser processadas, o que pode levar 1 ou 2 dias úteis.
Se, ao consultar o relatório fiscal atualizado, constar também o pagamento das multas como pendência, será necessário regularizá-las o quanto antes. Recomendo gerar um novo relatório de situação fiscal do CNPJ para acompanhar o status atualizado.
Não será necessário declarar mais nada. Acredito que agora é apenas uma questão de o sistema processar as declarações, para o CNPJ ficar apto novamente.
Espero ter ajudado!