Olá Laís, tudo bem?
Para abrir um CNPJ como médica (atividade regulamentada), é obrigatório que o CRM já esteja ativo. A Junta Comercial exige o número do registro profissional para liberar o ato constitutivo, e a Receita Federal também valida essa informação. Portanto, o ideal é aguardar a emissão do CRM e, depois disso, seguir com a abertura do CNPJ normalmente.
Espero ter ajudado.