Olá Hugo, bom dia.
Empresas sem fins lucrativos costumam ser do lucro presumido pois não podem ser optantes pelo simples nacional, as obrigações que devem ser entregues são referentes a essa tributação.
Temos essa aula que pode te orientar:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/126614-lucro-presumido
Espero ter ajudado.