Olá Aline
a decisão entre abrir uma filial ou um novo CNPJ deve considerar principalmente o impacto no faturamento e no Fator R. Se for aberta uma filial, o faturamento e a folha de pagamento da matriz e da filial serão somados, pois para o Simples Nacional a empresa continua sendo um único contribuinte. Isso significa que o enquadramento nos anexos e o cálculo do Fator R serão feitos com base nos valores consolidados. Já a abertura de um novo CNPJ não garante, por si só, vantagens tributárias, pois quando há os mesmos sócios ou empresas vinculadas, a legislação exige que determinadas receitas sejam consideradas em conjunto para fins de enquadramento e limites do Simples Nacional.
Na prática, abrir uma filial costuma ser a opção mais simples e segura quando a nova unidade exercer a mesma atividade da empresa atual. A abertura de um novo CNPJ geralmente só se justifica quando existe uma separação real das operações, de sócios ou de atividades. Para avaliar corretamente qual alternativa é mais vantajosa, é importante analisar o CNAE da empresa, o faturamento dos últimos 12 meses, a folha de pagamento e o faturamento esperado da nova unidade, pois esses fatores influenciam diretamente a permanência no Anexo III por meio do Fator R.
Espero ter ajudado.