Olá Lucas
Empresa no Lucro Real não pode apurar IRPJ e CSLL pelo regime de caixa. A regra obrigatória é o regime de competência, ou seja, o aluguel deve ser tributado no mês em que é devido, mesmo que ainda não tenha sido recebido. Se houver inadimplência, é possível usar provisão ou baixa como perda conforme a lei, mas isso não muda o regime. O regime de caixa só é permitido no Simples Nacional e no Lucro Presumido (se optado).
Espero ter ajudado.