Olá @Leonardo Procopio Barros, bom dia! O regime de tributação vai depender da atividade da empresa (CNAE). É necessário fazer a consulta de acordo com cada CNAE específico.
Em relação a contabilidade vou deixar abaixo um link para consulta e melhor entendimento de como funciona.
https://www.cfc.org.br/wp-content/uploads/2016/02/NBC_TE_Entidade-Cooperativa.pdf
Espero ter ajudado!