Olá Francisco, boa noite.
No Simples Nacional, uma empresa pode emitir notas fiscais mesmo enquanto estiver resolvendo pendências, desde que estas não resultem em impedimentos legais específicos para a emissão de notas fiscais. É importante garantir que a empresa esteja em situação regular com suas obrigações fiscais, incluindo impostos federais, estaduais e municipais, bem como estar em conformidade com as exigências do Simples Nacional e demais obrigações acessórias. Assim, a emissão de notas fiscais pode ocorrer desde que não haja impedimentos legais decorrentes das pendências em questão.
Espero ter ajudado!