Olá José Carlos, tudo bem?
Na maioria dos casos a retroação será para o Lucro Presumido, mas não porque a lei determina isso; e sim porque é o regime normalmente adotável pela empresa. Se ela estiver obrigada ao Lucro Real, a retroação será para o Lucro Real. Portanto, é preciso analisar cada caso concreto.
Espero ter ajudado.