Bom dia!
Não necessariamente. A incidência simultânea (ou concomitante) de IPI e ISS ocorre principalmente em operações de industrialização por encomenda. Isso depende da natureza da operação descrita na nota fiscal e das regras do seu regime tributário (como o Simples Nacional), e não de ter dois CNAEs diferentes.
A empresa não precisa ter dois CNAEs para identificar essa atividade, mas sim a Classificação Nacional de Atividades Econômicas (CNAE) correta que englobe a prestação do serviço e o processo industrial. É possível (e permitido) ter um CNAE principal e vários secundários cadastrados no mesmo CNPJ.
Espero ter ajudado.