Olá Pablo
Primeiro precisa verificar qual é a atividade dessa empresa, e mesmo sem a emissão da NF é sujeito ao Fator R, precisa ser informado corretamente.
A Receita Federal tem até 5 anos para fiscalizar e atuar a empresa, e se não foi enviado para o E-social, provavelmente vai ser notificado. A não ser que enviei agora os eventos desses meses e recolha os impostos atrasados. (Podem ser parcelados).
Espero ter ajudado.