Olá Milaine
Sim. O produtor pode ter uma empresa optante pelo Simples Nacional, inclusive com 5 funcionários, sem perder automaticamente os benefícios, desde que continue atendendo aos requisitos do PRONAF.
O ponto central não é a quantidade de empregados nem a existência de CNPJ, mas a manutenção da condição de agricultor familiar, com CAF/DAP válida, predominância da renda familiar oriunda da atividade rural e limites de renda compatíveis com o programa.
A empresa no Simples não pode descaracterizar essa condição, especialmente se gerar renda não rural relevante ou superior à renda da atividade agrícola.
Por isso, é essencial manter separação contábil entre pessoa física (atividade rural) e pessoa jurídica, bem como avaliar periodicamente a composição da renda familiar, pois é isso que efetivamente pode impactar o enquadramento e o acesso ao PRONAF.
Espero ter ajudado.