Olá Thiago
Para saber qual melhor opção é preciso realizar um planejamento tributário.
Na PJ ele vai pagar 6% sobre o Faturamento (com Fator R) mencionado por você e 11% de INSS sobre o valor que optar, dentro dos limites permitidos na tabela do INSS. Obs. Dependendo do valor do Pró labore, pagará também IR (Consultar a Tabela).
Na PF ele vai pagar até 5% de ISS (Consultar a alíquota do Município) + 20% de INSS como Contribuinte Individual obrigatório sobre o valor que optar, dentro dos limites permitidos na tabela do INSS. Obs. Dependendo do valor do Pró labore, pagará também IR (Consultar a Tabela).
Com essas informações, veja em qual opção a carga tributária dele é menor, assim saberá qual melhor caminho seguir.
Espero ter ajudado.