Olá William, tudo bem?
Sim, a falta de emissão de nota fiscal pode trazer sérios problemas, como a caracterização de ocultação de receita e sonegação, o que pode resultar em multas e penalidades.
No entanto, é importante verificar se, apesar de não emitir nota, ele está tributando as receitas corretamente. Caso esteja, o impacto seria menor, pois ao menos ele estará pagando os impostos. Mesmo assim, é necessário regularizar a emissão das notas fiscais.
Indico que assista a aula abaixo para maiores esclarecimentos:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/116845-contabilidade-para-microentidades/2800478-receitas-e-despesas-das-microentidades
Espero ter ajudado!