Olá Daniela, tudo bem?
Nesse caso, o ideal é que a cliente entre em contato direto com as marcas (Natura, Boticário etc.) para entender as regras de revenda como empresa. Muitas dessas companhias só permitem revenda por pessoa física, e quando há ponto físico, normalmente exigem um modelo de franquia ou loja exclusiva, sem mistura de marcas.
Se ela ultrapassar o limite do MEI e for desenquadrada, precisará de nota fiscal de compra no CNPJ para manter a regularidade. Por isso, é essencial alinhar com os fornecedores se eles permitem esse tipo de operação via CNPJ. Caso contrário, será necessário ajustar o modelo de negócio para evitar problemas fiscais e comerciais.
Espero ter ajudado!