Olá Jeniffer, bom dia.
Como a empresa deixou de ser MEI e saiu do Simples Nacional, ela agora deve optar por um dos outros regimes tributários disponíveis: Lucro Presumido ou Lucro Real. A escolha entre esses regimes depende de vários fatores, como o faturamento, a margem de lucro e a natureza das atividades da empresa. As obrigações fiscais dependerão do regime escolhido.
Verifique no portal ECAC, no menu relatório da situação fiscal quais as pendencias que precisam de regularização, nesse primeiro momento.
Espero ter ajudado!