Olá Kenia
Não. Um CNPJ tem apenas um endereço.
Para esse caso, o processo correto é abrir uma Filial, onde terá outro CNPJ, mas será a mesma empresa.
Espero ter ajudado.
SIMPLES NACIONAL
Uma empresa do Simples Nacional, somente com um CNPJ, com mais de um cnae, pode ter endereços diferentes? exemplo: em um endereço tem uma loja de prestação de serviços em outro endereço tem um comércio.