Olá Viviana, tudo bem?
Você precisa verificar o que será melhor para seu cliente.
Em relação a taxas de alteração ou abertura na junta comercial, se ele já possui conta bancária no CNPJ Mei, o que será mais rápido (desenquadramento ou uma abertura). Precisa fazer essas análises e definir o que será melhor.
Espero ter ajudado!