Olá Kenia
No Lucro Presumido a sua ideia de destacar só ISS nas notas não se aplica. O que deve ser feito é refazer a contabilidade retroativa, levantar a dívida real e parcelar. Daqui para frente, notas com ISS normalmente e tributos federais apurados e pagos nas datas certas.
Espero ter ajudado.