Olá Aline, boa tarde.
Nesse caso, se os clientes tiverem CNPJs diferentes, você precisará emitir notas fiscais separadas para cada um deles, conforme os faturamentos individuais de cada cliente MEI. Isso é necessário para garantir a correta prestação de contas e o cumprimento das obrigações fiscais de cada empresa.
Embora emitir notas fiscais separadas possa exigir mais tempo e trabalho, é importante manter a conformidade com a legislação e evitar problemas futuros com a Receita Federal ou órgãos reguladores.
Espero ter ajudado!