Olá Carolina, tudo bem?
Como sua cliente (do Simples Nacional) recebe o valor total, ela precisa emitir nota fiscal sobre os R$ 1.000,00, e esse montante será considerado receita bruta para fins de tributação no Simples Nacional.
O repasse de R$ 600,00 para o MEI deve ser registrado como despesa com prestação de serviços, e o MEI deve emitir uma nota fiscal para a empresa do Simples Nacional, pois a emissão é obrigatória em transações entre PJ x PJ.
Dessa forma, sua cliente pagará imposto sobre os R$ 1.000,00, e não apenas sobre os R$ 400,00 líquidos. Para evitar essa tributação indevida, o ideal seria o MEI emitir a nota diretamente para o cliente final e receber os R$ 600,00 em sua própria conta. Assim, a empresa do Simples Nacional só receberia os R$ 400,00 e tributaria apenas esse valor.
Espero ter ajudado!