Bom dia, Aluizio,
Boa pergunta, e é uma situação bem comum quando o marceneiro ou prestador de serviço começa a formalizar o negócio.
Vamos entender o cenário e o que precisa mudar:
O que acontecia antes
O cliente pagava o material na loja, a loja acreditava esse valor ao marceneiro, e ele ia emitindo notas pelo CPF. Funcionava de forma informal, sem movimentação bancária direta na conta do marceneiro.
O que muda com o CNPJ
Agora que existe um CNPJ, seja MEI, ME ou qualquer outro porte, toda a receita da atividade profissional precisa ser reconhecida como faturamento da empresa. Não importa se o dinheiro passa ou não pela conta bancária: o que foi recebido como contraprestação de um serviço ou venda é receita, e precisa ser tratado como tal.
O crédito que a loja transfere ao marceneiro, mesmo que seja um crédito em conta interna, vale como recebimento. Fiscalmente, o momento em que ele tem direito a esse crédito já configura receita.
Como proceder na prática
O marceneiro deve emitir a nota fiscal pelo CNPJ, e não mais pelo CPF. Isso vale tanto para a parte do serviço quanto para os materiais, dependendo de como o negócio está estruturado. Se ele é prestador de serviço e a loja fornece o material separadamente, a nota do marceneiro é de serviço. Se ele vende o conjunto (material mais execução), precisa ver se o CNPJ dele comporta esse tipo de operação.
Sobre o crédito que fica na loja em vez de entrar na conta bancária, o correto é formalizar isso com algum documento: pode ser um recibo, uma ordem de crédito ou um extrato da loja que comprove o valor creditado e usado. Esse valor precisa entrar na escrituração contábil ou no livro caixa como receita recebida, mesmo sem ter transitado pela conta bancária. Receita não é só o que entra na conta, é tudo o que foi auferido.
Um ponto de atenção importante
Continuar emitindo pelo CPF depois de ter CNPJ pode gerar problemas. A Receita Federal pode interpretar isso como omissão de receita da pessoa jurídica, especialmente se o volume for relevante. Fora isso, dependendo do regime tributário escolhido (Simples Nacional, Lucro Presumido etc.), há obrigações acessórias específicas que precisam ser cumpridas.
O ideal é que o contador responsável oriente a loja parceira sobre como formalizar esses créditos, para que haja rastreabilidade caso venha uma fiscalização. Um simples extrato ou comprovante de crédito emitido pela loja já ajuda bastante.