Olá Simone
O CNAE 0142-3/00 é o correto para quem produz mudas de café clonal.
Se a empresa produz as mudas (cultiva, clona, enraíza e comercializa o que produz) é considerada indústria, e a tributação será pelo Anexo II do Simples Nacional.
Se a empresa apenas compra mudas prontas para revender, sem produzir é considerada comércio, e a tributação será pelo Anexo I do Simples Nacional.
Caso faça as duas atividades (produzir e revender), deve separar as receitas, tributando cada uma no seu respectivo anexo.
Espero ter ajudado.