Olá Sue. Bom dia.
Respondendo diretamente à sua pergunta: o enquadramento que você fez no PGDAS só está correto se a empresa possuir um cadastro prévio e homologado na Prefeitura de Juiz de Fora (PJF) como Sociedade Uniprofissional (SUP) com direito ao ISS Fixo.
Se você apenas marcou a opção no PGDAS sem que a prefeitura tenha esse registro ativo internamente, o sistema municipal vai acusar a falta de recolhimento, que é exatamente o que está acontecendo.
A Lei Complementar nº 123/2006 (art. 18, § 22-A) estabelece que os escritórios de contabilidade no Simples Nacional devem recolher o ISS em valor fixo, na forma da legislação municipal.
Quando você seleciona no PGDAS a opção "Escritórios de serviços contábeis autorizados pela legislação municipal a pagar o ISS em valor fixo...":
O PGDAS retira a alíquota do ISS do cálculo do DAS (Anexo III).
O DAS sai mais barato porque calcula apenas os tributos federais (IRPJ, CSLL, PIS, COFINS, CPP).
A responsabilidade de cobrar o ISS Fixo (geralmente calculado por número de profissionais habilitados/sócios) passa a ser 100% da prefeitura, por meio de guias próprias emitidas pelo município.
Se a Prefeitura de JF está alegando que o ISS não foi recolhido e exige a retificação, existem duas possibilidades para o seu caso:
Cenário A: A empresa não está cadastrada como ISS Fixo na Prefeitura
Para ter direito ao ISS Fixo em Juiz de Fora, não basta ser um escritório de contabilidade. É preciso cumprir as regras de Sociedade Uniprofissional (SUP) do Decreto-Lei 406/68 (não ter natureza empresarial, os sócios responderem pessoalmente pelos atos, todos possuírem registro no CRC, etc.) e solicitar esse enquadramento formalmente junto à Secretaria de Fazenda de JF.
Se o escritório for registrado como EIRELI (antiga), LTDA com caráter estritamente empresarial, ou se simplesmente nunca entrou com o processo administrativo de SUP no município, a prefeitura considerará o ISS devido sobre o faturamento (variável).
Cenário B: Falha na Obrigação Acessória Municipal
Se a empresa cumpre os requisitos de SUP, pode ter faltado a renovação anual de alguma obrigação acessória municipal ou o processo de homologação está pendente. Sem isso no sistema interno deles, a PJF bloqueia a emissão da guia fixa e espera receber o imposto via DAS.
Como a prefeitura já identificou a divergência e pediu a retificação, siga estes passos para evitar multas:
1.Consulte a situação cadastral da empresa na Prefeitura de JF:Verificação inicial.
Acesse o portal de atendimento da SEF/JF ou verifique o cadastro mercantil da empresa. Certifique-se de que ela está formalmente classificada como regime de recolhimento fixo/SUP. Se estiver como "Regime Variável" (Normal), o preenchimento no PGDAS estava incorreto.
2.Retifique o PGDAS-D dos meses cobrados:Correção no portal do Simples.
Caso a empresa de fato não tenha o ISS Fixo homologado no município, você precisará retificar as competências divergentes no PGDAS. Altere a atividade para: "Prestação de serviços não sujeitos ao fator 'r' e tributados pelo Anexo III, com ISS devido ao próprio Município".
3.Gere a guia complementar do DAS:Recolhimento do imposto.
Após a retificação, o PGDAS recalculará o valor incluindo a fatia do ISS correspondente à alíquota do Anexo III sobre o faturamento do escritório. Emita a guia do DAS complementar apenas com a diferença do ISS (e os devidos acréscimos legais de juros/multa).
Dica de ouro para o futuro do escritório: Se a estrutura societária da empresa permitir o enquadramento como Sociedade Uniprofissional (SUP), vale muito a pena entrar com o processo administrativo de pedido de ISS Fixo na Prefeitura de Juiz de Fora. A economia tributária para escritórios de contabilidade costuma ser expressiva em comparação ao pagamento do ISS variável sobre o faturamento. Assim que a prefeitura deferir, você poderá voltar a usar aquela opção no PGDAS com segurança.
Espero ter ajudado.