Olá, Luana. Tudo bem?
Entendo que nesse caso, ela não consegue mudar a empresa para associação. É preciso encerrar a empresa atual e abrir uma nova pessoa jurídica como associação, porque são naturezas jurídicas diferentes. A associação é uma pessoa jurídica diferente, sem fins lucrativos, registrada em Cartório de Registro Civil de Pessoas Jurídicas, enquanto a empresa está registrada na Junta Comercial.
Se você ainda não fez esse processo de abertura de associação, recomendo o curso para te auxiliar:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/120268-contabilidade-para-o-terceiro-setor
Espero ter ajudado.