Olá Tonny
Você não pode abrir todos os CNPJs de filiais de uma igreja no mesmo ato. Primeiro é necessário constituir o CNPJ da matriz e, somente após isso, cada filial deve ser aberta individualmente, com seu próprio DBE e cadastro, embora todas compartilhem o mesmo número base de CNPJ, diferenciando-se pelo sufixo. Isso ocorre porque cada filial é tratada como um estabelecimento distinto pela Receita Federal, exigindo registros separados para garantir a regularidade cadastral e evitar problemas futuros.
Espero ter ajudado.