Olá Gessica
Sim, você pode atuar como contadora responsável utilizando seu CPF, desde que seu CRC esteja ativo. Não é obrigatório ter um CNPJ de escritório contábil para iniciar os atendimentos, e muitos profissionais começam dessa forma. Porém, é importante formalizar os serviços com contrato de honorários e, futuramente, avaliar a abertura do seu próprio CNPJ contábil para profissionalizar ainda mais sua atuação. Também é altamente recomendado que você tenha um certificado digital e-CPF A1, pois ele será necessário para acessar e-CAC, transmitir obrigações, assinar documentos e atuar digitalmente em nome dos clientes. Para a empresa do cliente, o certificado digital e-CNPJ também será essencial, principalmente porque uma transportadora utiliza emissão de CT-e, MDF-e, acessos à SEFAZ e diversas obrigações fiscais eletrônicas.
No caso dessa transportadora de grãos em Goiás, com previsão de faturamento de aproximadamente R$ 120 mil por mês (R$ 1,44 milhão por ano), o ideal é fazer um planejamento tributário antes da abertura da empresa. Você precisará levantar informações como: se o transporte será intermunicipal ou interestadual, se haverá frota própria, quantidade de caminhões, estimativa da folha salarial, gastos com combustível, manutenção, pedágio e se os motoristas serão empregados ou agregados. Com esses dados, você conseguirá comparar os regimes tributários, principalmente Simples Nacional e Lucro Presumido. Em transportadoras, muitas vezes o Lucro Presumido acaba sendo mais vantajoso que o Simples, devido à estrutura de custos e à tributação do ICMS sobre fretes. Por isso, não é recomendado escolher regime apenas pela facilidade.
Espero ter ajudado.