Olá Joel
Quando o processo no Facilita SP fica em “aguardando assinatura” e não aparece em “Minhas Assinaturas”, normalmente significa que o documento ainda não foi efetivamente liberado pelo sistema para assinatura, está vinculado ao CPF de outro participante (como sócio ou contador), ou há atraso/instabilidade na integração com o gov.br.
O ideal é verificar diretamente na plataforma de assinatura do Governo Federal do Brasil, confirmar com todos os envolvidos se receberam a solicitação, revisar o processo para ver se falta algum envio final, aguardar algumas horas para processamento e, se persistir, limpar cache ou acessar por outro navegador; caso não resolva em até 24h, o recomendado é abrir chamado na JUCESP informando o protocolo.
Espero ter ajudado.