Bom dia Ana Gabriela, tudo bem?
O processo de filiais é parecido com o de abertura: documentos, taxas e etc. O honorário a ser cobrado pode ser o mesmo de abertura de uma empresa, só que no seu caso serão duas. Então, cobre o valor por cada abertura.
Sobre o valor do honorário, caso seja sobre quanto cobrar pela contabilidade. Você precisa avaliar não somente o faturamento. Mas, também a complexidade da matriz e das filiais, levando em consideração regime tributário e também a reforma tributária.
Espero ter ajudado.