olá Silvia
Não é necessário fazer alteração prévia no contrato social da matriz para abrir uma filial em Santa Catarina, desde que o contrato já contenha uma cláusula permitindo a abertura de filiais em qualquer local. Nessa situação, você pode partir diretamente para uma alteração contratual que já crie a filial, informando o endereço completo em SC, as atividades (CNAE) que serão exercidas e eventuais demais informações pertinentes. Essa alteração normalmente é registrada primeiro na Junta Comercial da UF da matriz e, em seguida, arquivada também na Junta Comercial de Santa Catarina, para então realizar a inscrição do CNPJ da filial na Receita Federal e as inscrições estaduais ou municipais, conforme a atividade.
Porém, se o contrato social da empresa não prever a possibilidade de abertura de filiais ou limitar a atuação apenas à sede ou ao estado da matriz, será necessário incluir essa previsão no contrato; na prática, isso pode ser feito na mesma alteração contratual que já cria a filial, sem necessidade de dois processos separados.
Espero ter ajudado