Olá Cassia
O Empresário Individual não pode ter dois CNPJs ativos vinculados ao mesmo CPF, pois essa natureza jurídica é diretamente ligada à pessoa física do titular, permitindo apenas um registro por CPF. Caso a pessoa queira abrir outro CNPJ, deverá constituir uma Sociedade Limitada, podendo inclusive ser LTDA unipessoal (um único sócio). Não é obrigatório transformar o Empresário Individual em LTDA, mas essa mudança é recomendável quando há interesse em abrir outra empresa, separar patrimônio pessoal do empresarial ou estruturar melhor o crescimento do negócio.
Quanto à razão social, no Empresário Individual é obrigatório constar o nome civil do titular (completo ou abreviado), enquanto na Sociedade Limitada o nome empresarial é livre, desde que inclua “LTDA”, não sendo obrigatório utilizar o nome do sócio.
Espero ter ajudado.