Olá Fabiana
A divergência acontece porque a área cadastrada no IPTU da Prefeitura está diferente da área informada no projeto/laudo do Corpo de Bombeiros. Para corrigir, primeiro é importante confirmar qual metragem está correta, comparando IPTU, planta do imóvel, matrícula, habite-se e o levantamento do engenheiro/arquiteto.
Se a área correta for a do Corpo de Bombeiros, normalmente será necessário solicitar na Prefeitura a atualização/revisão cadastral do imóvel, apresentando documentos como IPTU, matrícula, planta, ART/RRT e laudo técnico. Após a atualização do cadastro imobiliário, a informação ficará alinhada para emissão do alvará/AVCB. Em alguns casos, quando o erro está no projeto do bombeiro e não no IPTU, pode ser mais rápido corrigir o projeto técnico em vez de alterar o cadastro municipal. Como a empresa foi aberta com base nos dados do IPTU, dependendo da diferença de metragem, também pode ser necessário atualizar a viabilidade, inscrição municipal ou licenciamento da empresa.
Espero ter ajudado.