Olá Simone
Para abrir uma SLU, o registro é sempre na JUCERJA, porque é uma empresa. Por isso, o boleto de abertura também é emitido pela JUCERJA.
O cartório (RCPJ) só emite boleto quando o registro é de associação, igreja, fundação, etc… não para empresa. Então, se você abriu uma SLU e gerou o boleto na JUCERJA, é esse mesmo que deve pagar.
Espero ter ajudado.