Olá Jaise, tudo bem?
Nesse caso, como o CNPJ está com natureza jurídica 401-4 e não aparece nem na Junta nem no cartório, o primeiro passo é identificar onde esse ato constitutivo foi originalmente registrado. Vale consultar o Comprovante de Inscrição e Situação Cadastral do CNPJ e verificar também a natureza jurídica e a data de abertura na Receita.
Se realmente não houver registro na Junta Comercial nem no cartório, o ideal é abrir um atendimento na Receita Federal/e-CAC ou no órgão de registro do estado para verificar a origem dessa inscrição e solicitar orientação sobre localização ou regularização do ato constitutivo. Sem localizar o registro original, normalmente não é possível prosseguir com a alteração, porque vai faltar justamente o documento base da empresa.
Espero ter ajudado.