Olá Cassia
O indeferimento não está ocorrendo por causa da alteração do contador em si, mas porque o sistema da Receita Federal não reconhece mais o responsável legal vinculado ao CNPJ, já que o titular está falecido e continua constando como responsável perante o cadastro. Enquanto essa situação não for regularizada, qualquer tentativa de alteração conjunta (contador, razão social, administrador etc.) tende a ser indeferida no Coletor Nacional.
O procedimento correto é fazer primeiro uma alteração exclusiva para substituir o responsável perante o CNPJ. Se for Empresário Individual, será necessário que exista inventário e que o inventariante esteja formalmente nomeado (com termo de inventariante e certidão de óbito), pois ele passará a representar o espólio. Se for sociedade, é preciso registrar na Junta Comercial a alteração contratual nomeando o novo administrador e depois transmitir o DBE apenas com o evento de alteração do responsável. Somente após o deferimento dessa alteração inicial é que você deverá protocolar novo DBE para alterar contador, razão social e demais dados.
Caso o REDESIM continue bloqueando por causa do CPF do titular falecido, o caminho costuma ser a abertura de Dossiê Digital no e-CAC, anexando certidão de óbito, ato registrado na Junta (ou termo de inventariante) e procuração, solicitando a atualização do responsável por falecimento do titular. Resolvida a representação legal, as demais alterações passam a ser deferidas normalmente.
Espero ter ajudado.