Olá Amanda
A maioria das prefeituras exige primeiro a Consulta Prévia de Viabilidade (viabilidade) para verificar se a atividade, no caso: clínica/consultório odontológico é permitida naquele endereço e quais exigências municipais/urbanísticas/incidentes irão recair sobre o pedido de alvará. A aprovação da viabilidade costuma ser condição prévia para emissão do Alvará de Funcionamento.
Espero ter ajudado.