Olá Douglas
Sim, é juridicamente possível que o ato de transformação de ser assinado digitalmente pelo titular mediante certificado digital e-CPF, pois a assinatura eletrônica possui validade legal plena. Contudo, no caso de protocolo presencial perante a Junta Comercial do Estado de São Paulo, há um ponto operacional relevante: a assinatura digital só mantém sua validade se o documento permanecer em formato eletrônico, pois a simples impressão de um PDF assinado digitalmente não permite a validação técnica do certificado. Assim, embora não haja impedimento jurídico para a assinatura digital, na prática a Junta pode exigir assinatura física com reconhecimento de firma quando o protocolo for realizado em papel.
Portanto, para evitar exigências ou retrabalho, a orientação técnica mais segura é realizar todo o processo de forma digital pelo sistema integrador da JUCESP, especialmente considerando que o titular já possui certificado digital.
Espero ter ajudado.