Olá Vanessa, tudo bem?
Sim, pode gerar exigência na Junta.
Em S.A., mesmo de capital fechado, a AGO que aprova as demonstrações financeiras exige a comprovação das publicações obrigatórias. A Junta não confere valores com a ECF, mas verifica se houve a publicação e se os recibos da Central de Balanços foram anexados.
Se você não anexar, é comum o processo ficar em exigência até apresentar esses comprovantes.
Espero ter ajudado.