Olá Fernanda, tudo bem?
Entendo que sim, uma clínica de Psicologia poderia incluir CNAE relacionado a atividades médicas, desde que os atendimentos médicos sejam realizados exclusivamente por profissionais habilitados, com CRM ativo, e que cada serviço médico tenha responsabilidade técnica própria. Porém, é necessário consultar os dois conselhos, de Psicologia e de Medicina, para confirmar se o registro das atividades no mesmo CNPJ não viola normas éticas ou de supervisão de cada profissão.
Espero ter ajudado.