Olá Fabiana
Após o desenquadramento do MEI por excesso de faturamento e o registro das alterações na JUCESP, é necessário sim regularizar o CCM na Prefeitura de São Paulo, pois a atualização não ocorre automaticamente. Sempre que houver alteração de natureza jurídica, razão social, atividades (CNAEs) ou endereço, deve-se realizar nova viabilidade no Empreenda Fácil e, em seguida, acessar o próprio sistema para solicitar a alteração de dados do CCM, vinculando o CNPJ e confirmando as informações aprovadas na Junta e no DBE. Sem esse procedimento, o cadastro municipal permanece como MEI, o que pode gerar inconsistências no ISS, bloqueio na emissão de NFS-e, cobrança incorreta de tributos e problemas com alvará e TFE.
Espero ter ajudado.