Olá Regiane
Sim, é possível dar baixa na empresa mesmo com dois sócios falecidos e apenas uma sócia viva, desde que antes do encerramento seja feita a regularização das quotas dos sócios falecidos. A morte do sócio não extingue automaticamente a sociedade, mas exige que as quotas sejam liquidadas e destinadas ao espólio ou herdeiros, ou, menos comum, transferidas aos herdeiros, conforme previsão do contrato social.
Normalmente, para a baixa, é feita uma alteração contratual retirando os sócios falecidos, com representação válida do espólio (inventariante, autorização judicial ou inventário já concluído), permanecendo a sócia viva, que sendo administradora pode conduzir o processo. Após essa regularização, é elaborado e registrado o distrato social na Junta Comercial e, na sequência, realizadas as baixas do CNPJ e dos cadastros estadual e municipal, bem como o cumprimento das obrigações acessórias finais. Sem a retirada formal dos sócios falecidos do contrato, a Junta Comercial não permite o encerramento da empresa.
Espero ter ajudado.