Olá Fabio

Quando respondemos SIM nessa pergunta, o sistema da Receita Federal entende que já foi registrado a Baixa na Junta Comercial, por isso, quando você informa o DBE na REGIN aparece essa mensagem.
O correto, é dizer que o registro não foi registrado no orgão, assim a Receita Federal vai encaminhar o DBE para o sistema da Junta do Estado para Prossegui com a baixa.
Recomendo, cancelar esse DBE e solicita outra.
Espero ter ajudado.